《论语别裁》外界评价两极分化，分列神魔。此书好处在于实例较多，且言语口语化，故易读、易懂且有助于理解；坏处在于有种“为别裁而别裁”之感，且有诸多低级错误，诸多“创见”，略有“信口开河”之感。喜欢的读者，大多对南怀瑾所述感怀身受，或敬佩如此通俗易懂的解析；不喜欢的读者，大多为对《论语》有自己的研究和主观思想，或是提倡传统为瑰宝，不容侵犯。

上海大学中文系教授杨逢彬曾评价，如果撇开对孔夫子原来意思的理解不谈，把南先生所说当成南先生自己的意思的话，有些话还是蛮深刻，对人生有启示作用的。但无论如何，一千个读者就有一千本《论语》，老先生传承、发扬国学之功与不严谨之过，确实功远大于过。